Действие фильма "Чудо в полночь", действие которого происходит в Дании с 27 сентября по 3 октября 1943 года, представляет собой инсценировку реальной истории спасения датских евреев из депортации в нацистские концентрационные лагеря. Доктор Карл (Сэм Уотерстон) и Дорис (Миа Фэрроу) Костер-христианская пара, живущая в Копенгагене со своими двумя детьми, 18-летним Хенриком (Джастин Уэйлин) и подростком Элсом (Никола Майкрофт).
Как главный хирург больницы Кристиана, доктор Карл Костер изначально использует свое положение, чтобы защитить молодого бойца сопротивления, застреленного нацистами. Тем временем Хенрик тайно работает на ту же группу, присваивая оружие, отправленное нацистам.
В среду, 29 сентября 1943 года (через три года после оккупации), доктор Костер узнает о предстоящем аресте датских евреев в полночь пятницы (начало Рош-а-Шана) от бывшего министра правительства, которого предупредил немецкий морской атташе Георг Даквиц. Костеры начинают с того, что прячут раввина Бен Абрамса и его семью, но вскоре понимают, что могут помочь большему количеству евреев и стать неотъемлемой частью усилий по транспортировке более 7000 евреев в нейтральную Швецию.
Доктор Костер, персонал больницы и его семья сотрудничают с сопротивлением, чтобы спасти датских евреев от депортации в концентрационный лагерь Терезиенштадт. Как заявляет доктор Костер, "На любом языке и в любой религии быть гуманным-значит любить своего ближнего."
Хенрик и его друг загружают грузовик евреев, планируя отвезти их на побережье, откуда они будут доставлены в безопасное место в Швецию. По дороге их останавливают немецкие нацистские чиновники, которые велят Хенрику открыть заднюю часть грузовика. Когда нацисты находят евреев, друг Хенрика убегает и прячется в лесу, и получает помощь от отца Хенрика, который спасает Хенрика, но друг Хенрика убит, отвлекая немцев.
Сначала они находят укрытия для евреев, чтобы пережить первые набеги, а затем сотрудничают со шведским правительством и местными рыбаками, чтобы перевезти их в безопасное место. Тем временем Хенрик обеспечивает грузовики и другой транспорт, чтобы доставить людей на побережье. Они обнаруживают, что один из рыбаков, который помогал им перевозить евреев, был предателем и пытался сдать их немцам.
Наконец, самим костерам приходится бежать, когда нацисты обнаруживают их деятельность. Дорис Костер захвачена нацистами, но остальным удается бежать в Швецию. Нацисты допрашивают Дорис и освобождают два года спустя, и семья воссоединяется (воссоединение не показано в фильме, но упоминается).
