Тема, поднятая в фильме, получила совершенно новое и неоднозначное развитие и вышла на принципиально иной художественный уровень благодаря напряжённому движению сюжета и безукоризненной реализации стилистической задачи. Помимо художественного, проект «Диверсант» имеет большое общественно-политическое значение. Юные разведчики 16-летний Лёня Филатов (Алексей Бардуков) и 20-летний Алексей Бобриков (Алексей Солончев) разрабатывают и выполняют сверхсложные операции в тылу врага.
Они направляются к месту своего задания на попутном грузовике, но неожиданно попадают под вражеский обстрел. В результате столкновения с немцами в живых остаются только Лёня Филатов и сержант-попутчик Алёша (Кирилл Плетнёв). Сержант просит отдать ему красноармейскую книжку и все документы погибшего Бобрикова, дабы «его название продолжало колотить фашистов». Разведчики начинают действовать под командованием старшего лейтенанта Калтыгина (Владислав Галкин).
После успешного выполнения нескольких операций вся группа направляется в спецшколу, где проходит уникальное обучение под руководством «Чеха» (Александр Лыков), должность и звание которого засекречено. Позже отряд проводит несколько блестящих операций по поиску и ликвидации фашистских разведчиков.
Ребята вместе проходят войну и празднуют победу в Берлине. После заключения мира их пути на время расходятся, каждый из них пытается устроить свою гражданскую жизнь. Но спустя какое-то время их вновь собирают вместе и поручают новое секретное задание.
