В основе сюжета реальная, документальная история – не публиковавшиеся ранее архивные материалы и свидетельства бывших разведчиков и контразведчиков СССР. В центре внимания фильма "СМЕРШ. Легенда для предателя" — оставшийся надолго под грифом секретности подвиг советского разведчика, ежедневно и ежечасно рисковавшего жизнью, работавшего в условиях, когда провал и предательство становятся заурядными событиями.
Он продолжал свою миссию даже после обвинения в измене Родине. 1943 год. Алексей Кравцов (Анатолий Гущин) — сотрудник СМЕРШа — заброшен во вражеский тыл с целью внедрения в немецкую разведку и разоблачения загадочного «крота», держащего в своих руках созданную немцами агентурную сеть. Едва оказавшись в расположении врага, Алексей понимает, что провален.
Времени на новую легенду нет, и Алексей идет ва-банк: заявляет, что он сотрудник СМЕРШа, решивший перейти на сторону фашистов. На этом проблемы главного героя не заканчиваются. Впереди Алексея ждут военный трибунал, мучительный выбор между долгом и чувством, буквой закона и жизнью любимой женщины… Главному герою не раз придется действовать на свой страх и риск.