Летом того же года командующим Одесским военным округом назначен маршал Георгий Константинович Жуков (Владимир Меньшов). По сути, это назначение сродни ссылке: таким образом Сталин убрал подальше из Москвы ставшего слишком популярным «маршала Победы».
Во время операции по обезвреживанию шайки Сеньки Шалого (Олег Кассин), в руки чекистов попадает ее главарь. На допросе Сенька рассказывает о краже большой партии (около тысячи комплектов) военного обмундирования. Понимая, что для осуществления этого преступления бандитам необходим пособник среди военного начальства, Гоцман при помощи старого друга Фимы Петрова (Сергей Маковецкий) выходит на след некоего Академика.
К расследованию дела о таком крупном хищении, которое со временем обрастает новыми подробностями и оказывается связанным с другими преступлениями, подключается военная прокуратура, и вместе с оперативниками к работе над ним приступает майор Кречетов (Михаил Пореченков). Жуков, возмущенный разгулом преступности в городе, решает навести порядок по-своему, руководствуясь принципом «Если враг не сдается, то его уничтожают».
Подключив к спецоперациям войсковую разведку, он собирается проводить физическую ликвидацию «уголовного элемента». Гоцману, знающему, что подобные методы хороши на фронте, но не в условиях мирной жизни, необходимо убедить Жукова действовать по-другому. Но главной своей задачей начальник Одесского УГРО считает поимку таинственного и очень опасного Академика, который оказывается связан не только с бандитами, но и с немецкой разведкой.
Премьерный показ остросюжетного сериала, состоящего из 14 эпизодов, начался 2 декабря 2007 года на канале "Россия". Живописные уголки старой Одессы, дворы и интерьеры коммунальных квартир, сохранившиеся с послевоенных лет практически без изменений, послужили великолепными декорациями фильма. А особый колорит происходящему на экране придает специфический одесский говор, над которым немало потрудились актеры под руководством специалистов-диалектологов.
Сериал "Ликвидация" награжден премией "Ника" в номинации «За достижения в телевизионном кинематографе», он стал дважды обладателем Национальной телевизионной премии "ТЭФИ" и четырежды — Национальной премии в области кинематографии "Золотой Орел".